Peñarol tiene una muy mala estadística enfrentando a equipos de Colombia en este Siglo XXI por torneos CONMEBOL.
Por ejemplo, el Manya no registra victorias por la CONMEBOL Libertadores ante elencos colombianos si sólo se contabiliza los enfrentamientos desde el año 2001. Incluso el Carbonero sólo le pudo convertir dos goles a clubes de este país por esta competencia, y curiosamente su autor fue Joe Bizera en 2001 ante América de Cali.
En Sudamericana la estadística no es muy diferente, registrándose una victoria (ante Deportivo Cali en Colombia en 2014 con gol de Marcelo Zalayeta), dos empates y tres derrotas.
Por CONMEBOL Libertadores
1. 13 de febrero de 2001. Peñarol 1 - 2 América de Cali. Grupo 6. Gol de Peñarol: Joe Bizera.
2. 6 de marzo de 2001. América de Cali 2 - 1 Peñarol. Grupo 6. Gol de Peñarol: Joe Bizera.
3. 29 de enero de 2009. Independiente Medellín 4 - 0 Peñarol. Primera fase.
4. 4 de febrero de 2009. Peñarol 0 - 0 Independiente Medellín. Primera fase.
5. 21 de febrero de 2012. Peñarol 0 - 4 Atlético Nacional. Grupo 8.
6. 11 de abril de 2012. Atlético Nacional 3 - 0 Peñarol. Grupo 8.
7. 9 de marzo de 2016. Atlético Nacional 2 - 0 Peñarol. Grupo 4.
8. 16 de marzo de 2016. Peñarol 0 - 4 Atlético Nacional. Grupo 4.
Por CONMEBOL Sudamericana
1. 17 de setiembre de 2014. Peñarol 2 - 2 Deportivo Cali. Segunda ronda. Goles de Peñarol: Carlos Núñez y Marcelo Zalayeta.
2. 24 de setiembre de 2014. Deportivo Cali 0 - 1 Peñarol. Segunda ronda. Gol de Peñarol: Marcelo Zalayeta.
3. 23 de mayo de 2019. Deportivo Cali 1 - 1 Peñarol. Segunda ronda. Gol de Peñarol: Gastón Rodríguez.
4. 30 de mayo de 2019. Peñarol 2 - 0 Deportivo Cali. Segunda ronda. Goles de Peñarol: Agustín Canobbio y Walter Gargano.
5. 20 de abril de 2023. Peñarol 0 - 2 Millonarios. Grupo F.
6. 24 de mayo de 2023. Millonarios 3 - 1 Peñarol. Grupo F. Gol de Peñarol: Matías Arezo.