Peñarol ha enfrentado a equipos de Brasil en este Siglo XXI por torneos CONMEBOL en casi 40 oportunidades, varias de ellas muy recordadas por los hinchas aurinegros.
Es que desde el año 2001, los brasileños han sido generalmente los rivales del Manya en grandes victorias o en dolorosas derrotas.
Por ejemplo, Peñarol ha podido ganar en dos oportunidades ante Flamengo en el Maracaná en este siglo por la Copa Libertadores, en la Copa 2011 logró una inolvidable victoria en Porto Alegre dejando afuera al vigente campeón Inter, y ante Corinthians por la Sudamericana 2021 tuvo un rendimiento colectivo sensacional.
Sin embargo, fue Athletico Paranaense quien eliminó al Manya en semis de la Sudamericana 2021 (certamen que se definió en el Estadio Centenario y que tuvo a Peñarol eliminando a Nacional en octavos de final), Santos el ganador de la Libertadores 2011 y Botafogo el verdugo del Carbonero en la Copa 2024.
Por CONMEBOL Libertadores
1. 5 de abril de 2001. Vasco da Gama 2 - 1 Peñarol. Grupo 6. Gol de Peñarol: Guillermo Giacomazzi.
2. 2 de mayo de 2001. Peñarol 1 - 3 Vasco da Gama. Grupo 6. Gol de Peñarol: Óscar Aguirregaray.
3. 9 de mayo de 2002. Peñarol 1 - 0 São Caetano. Cuartos de final. Gol de Peñarol: Robert Lima.
4. 14 de mayo de 2002. São Caetano 2 (3) - 1 (1) Peñarol. Cuartos de final. Gol de Peñarol: Daniel Jiménez.
5. 18 de febrero de 2003. Peñarol 2 - 2 Gremio. Grupo 5. Goles de Peñarol: Antonio Pacheco y Gabriel Cedrés.
6. 2 de abril de 2003. Gremio 4 - 1 Peñarol. Grupo 5. Gol de Peñarol: Joe Bizera.
7. 2 de marzo de 2004. Peñarol 1 - 1 Sao Caetano. Grupo 1. Gol de Peñarol: Carlos Bueno.
8. 8 de abril de 2004. São Caetano 1 - 1 Peñarol. Grupo 1. Gol de Peñarol: Carlos Bueno.
9. 29 de abril de 2011. Peñarol 1 - 1 Internacional de Porto Alegre. Octavos de final. Gol de Peñarol: Mathías Corujo.
10. 6 de mayo de 2011. Internacional 1 - 2 Peñarol. Octavos de final. Goles de Peñarol: Alejandro Martinuccio y Juan Manuel Olivera.
11. 16 de junio de 2011. Peñarol 0 - 0 Santos. Finales.
12. 23 de junio de 2011. Santos 2 - 1 Peñarol. Finales. Gol de Peñarol: Dorval, en contra.
13. 13 de abril de 2017. Palmeiras 3 - 2 Peñarol. Grupo 5. Goles de Peñarol: Ramón Arias y Gastón Rodríguez.
14. 27 de abril de 2017. Peñarol 2 - 3 Palmeiras. Grupo 5. Goles de Peñarol: Mauricio Affonso y Junior Arias.
15. 4 de abril de 2019. Flamengo 0 - 1 Peñarol. Grupo 4. Gol de Peñarol: Lucas Viatri.
16. 9 de mayo de 2019. Peñarol 0 - 0 Flamengo. Grupo 4.
17. 4 de marzo de 2020. Athletico Paranaense 1 - 0 Peñarol. Grupo C.
18. 21 de octubre de 2020. Peñarol 3 - 2 Athletico Paranaense. Grupo C. Goles de Peñarol: Fabricio Formiliano, Gary Kagelmacher y Matías Britos.
19. 23 de abril de 2024. Atlético Mineiro 3 - 2 Peñarol. Grupo G. Goles de Peñarol: Maxi Olivera y Maxi Silvera.
20. 14 de mayo de 2024. Peñarol 2 - 0 Atlético Mineiro. Grupo G. Goles de Peñarol: Lucas Hernández y Maxi Silvera.
21. 19 de septiembre de 2024. Flamengo 0 - 1 Peñarol. Cuartos de final. Gol de Peñarol: Javier Cabrera.
22. 26 de septiembre de 2024. Peñarol 0 - 0 Flamengo. Cuartos de final.
23. 23 de octubre de 2024. Botafogo 5 - 0 Peñarol. Semifinales.
24. 30 de octubre de 2024. Peñarol 3 - 1 Botafogo. Semifinales. Goles de Peñarol: Jaime Báez (2) y Facundo Batista.
Por CONMEBOL Sudamericana
1. 14 de octubre de 2010. Goiás 1 - 0 Peñarol. Octavos de final.
2. 20 de octubre de 2010. Peñarol 3 - 2 Goiás. Octavos de final. Goles de Peñarol: Mathías Corujo, Marcelo Sosa y Alejandro Martinuccio.
3. 26 de julio de 2018. Athletico Paranaense 2 - 0 Peñarol. Segunda ronda.
4. 8 de agosto de 2018. Peñarol 1 - 4 Athletico Paranaense. Segunda ronda. Gol de Peñarol: Cristian Rodríguez.
5. 24 de julio de 2019. Peñarol 1 - 2 Fluminense. Octavos de final. Gol de Peñarol: Gastón Rodríguez. 6. 31 de julio de 2019. Fluminense 3 - 1 Peñarol. Octavos de final. Gol de Peñarol: Lucas Viatri.
7. 29 de abril de 2021. Corinthians 0 - 2 Peñarol. Grupo E. Goles de Peñarol: Giovanni González y David Terans.
8. 13 de mayo de 2021. Peñarol 4 - 0 Corinthians. Grupo E. Goles de Peñarol: Agustín Álvarez Martínez (3) y Agustín Canobbio.
9. 23 de setiembre de 2021. Peñarol 1 - 2 Athletico Paranaense. Semifinales. Gol de Peñarol: Agustín Álvarez.
10. 30 de setiembre de 2021. Athletico Paranaense 2 - 0 Peñarol. Semifinales.
11. 6 de abril de 2023. América Mineiro 4 - 1 Peñarol. Grupo F. Gol de Peñarol: Brian Mansilla.
12. 29 de junio de 2023. Peñarol 1 - 2 América Mineiro. Grupo F. Gol de Peñarol: Sebastían Rodríguez.
Por Copa Mercosur
1. 25 de julio de 2001. São Paulo 3 - 0 Peñarol. Grupo D.
2. 12 de setiembre de 2001. Peñarol 1 - 1 São Paulo. Grupo D. Gol de Peñarol: Pablo Bengoechea.